В состав отдела входят лаборатории – гербологии, энтомологии, гельминтологии, фитопатологии.
Отдел осуществляет свою деятельность в качестве референтного центра Управления Россельхознадзора по Республике Татарстан в области карантина растений.
Организованы мероприятия, направленные на выявление карантинных вредителей, болезней растений и сорняков путем обследования подкарантинных объектов (складских помещений, элеваторов, сельхозугодий, территорий предприятий, занимающихся ввозом, хранением, переработкой и реализацией подкарантинной продукции), проведением лабораторных анализов и экспертиз подкарантинной продукции, идентификации карантинных вредителей, болезней растений и семян сорных растений (золотистая картофельная нематода, амброзия трехраздельная, полыннолистная, повилика полевая, повилика одностолбиковая, усач большой черный еловый, усач черный сосновый).
Отдел осуществляет выдачу заключений о карантинном фитосанитарном состоянии подкарантинной продукции для получения карантинных, фитосанитарных сертификатов или актов фитосанитарного контроля.